После возобновления церковной жизни в храме, настоятель продолжил деятельность по воссозданию храма. Приведение внутренних помещений к достойному виду было только началом большой кропотливой работы. Необходимо было воссоздать исторический образ храма: восстановить барабан и купол храма, отремонтировать крышу, произвести фасадные работы, а также заниматься благоукрашением интерьеров храма, не в ущерб основной богослужебной функции Прихода.

   В 1994 году начались работы по росписи стен и сводов храма. Проект фресок стилизованных под иконописный подлинник XV в. подготовил художник А.А. Демидов. Он же вплоть до начала 2001 года расписывал храм. Росписи велись темперой при соблюдении канонической иконографии, пропорций и перспективы.

   В 1994 г. подготовлен проект иконостаса; в 1995 г. иконостас был изготовлен и установлен. Иконостас имел три яруса и был стилизован под древнерусские образы. Иконы для иконостаса написал выпускник Технического университета (б. Политехнический институт) диакон В. Григорьев. Все иконы (43 предмета) были написаны им в период с 1995 по 1997 гг.

   В 1994 г. в нише-киоте западного фасада установлен мозаичный образ «Покров Пресвятой Богородицы», а в 1995 году «Спас Нерукотворный» на южном фасаде храма (худ. А.А. Демидов).

   В 1996 году над главным входом в храм в нише портала установлен барельеф «Покров Пресвятой Богородицы» (скульптор С.В. Демидова).

   В 1996-1997 гг. на кредитные средства, предоставленные «Мосбизнесбанком» был восстановлен барабан купола, глава и глава звонницы, полностью заменено кровельное покрытие.

   Автор проекта воссоздания главы – архитектор В.И. Лотенков (позже по его проекту будет построен храм во имя «Новомучеников и исповедников в земле Коми просиявших» в г. Ухте, освящен в 2015 г.).

   «В состав эскизного проекта» по восстановлению барабана купола и главы вошли материалы предварительных историко-архивных изысканий (фотография церкви до утраты завершения, краткая историческая справка, составленная архитектором-реставратором Д.А. Бутыриным, копии проекта И.В. Падлевского на 4-х листах, исполнительная смета затрат на строительство, отделку и оборудование церкви (без даты)».

   В заключении на проектную документацию купола, выданным Государственным предприятием Санкт-Петербургским научно-исследовательским институтом по реставрации памятников истории и культуры «Спецпроектреставрация», в целом была дана положительная оценка проекта.

   В 1999 году НПО «Ранд» была выполнена реставрация фасадов с воссозданием утраченных архитектурных элементов.

   В этом же году над порталом главного входа в храм был установлен гипсовый крест.

   Кредитные средства и проценты, на которые были выполнены первоначальные работы по восстановлению внутренних помещений храма, а также строительство купола храма, ремонт крыши и фасада, были возвращены банкам полностью и в установленные сроки. Средствами на их погашение являлись доброхотные пожертвования прихожан от деятельности Прихода. Поэтому в настоящее время можно сказать, что храм Покрова Пресвятой Богородицы при Санкт-Петербургском политехническом университете, являющийся государственной собственностью и находящийся в оперативном управлении университета, был возрожден к церковной жизни на народные деньги.

   В период с 1992 по 2002 гг. настоятель храма неоднократно обращался в ректорат университета и Комитет по имуществу Санкт-Петербурга с просьбой о том, чтобы Приходу были переданы помещения храма на 1-м этаже, а также исторически относящиеся к храму вспомогательные помещения на 2,3 и 4-м этажах 1-го учебного корпуса, которые при строительстве храма предназначались для церковных нужд. С подобным письмом в Комитет по имуществу обращался и Митрополит Ленинградский и Ладожский Иоанн.

   В 2000 году Университет выделил Приходу следующие помещения на 1-м этаже – 1Н ч. пом. 2,12-19, а также в связи с росписями стены при балконе хоров, соединяющей храм с 1-м учебным корпусом, разрешил вскрыть арочный проем и выделил 2,3 кв. м. из исторических площадей, которые образовали помещение 109. В 2001 году к Приходу отошли помещения I-го этажа – 1Н и пом. 20-25.

   С последней передачей Университетом в 2001 году помещений храма и помещений бывших квартир священника и диакона, у храма сложились исторические границы на 1-м этаже, а ситуация вокруг помещений храма на 2,3,4-м этажах осталась прежней. Университет по-прежнему использует предназначавшиеся для храма помещения под свои нужды. На протяжении всех лет до настоящего времени из-за разделенности храма как объекта недвижимости, Приход испытывает затруднения в использовании балкона хоров и звонницы, на которую приходится пробираться через окно.

   С 2000 по 2002 г. велись ремонтно-восстановительные работы в переданных помещениях на 1-м этаже храма.

  В 2005 году в связи с приведением в порядок дорожного покрытия и тротуаров на территории университета, по настоянию настоятеля храма уровень тротуаров вокруг храма был понижен, вследствие чего на 10см был открыт цоколь здания.

   В 2008 году вновь поднимался вопрос о передаче храма Русской Православной Церкви. В этом году Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Владимир (Котляров) обратился в Комитет по управлению городским имуществом. Однако в связи с окончанием срока действия Соглашения между Федеральным агенством по управлению федеральным имуществом и Правительством Санкт-Петербурга о передаче Правительству Санкт-Петербурга осуществления части своих полномочий по управлению федеральным имуществом, вопрос был отложен.

   В 2011 году был произведен ремонт фасада с заменой штукатурного слоя по технологии, согласованной с требованиями КГИОП.

   В том же году был установлен новый иконостас, изготовленный фирмой «Кировские кустарные мастерские». В 2012 году в иконостасе были помещены новые иконы написанные членами Союза художников С.В. Гусевым, А.Н. Антохиным, А.И. Жестаревым. В 2016 году перед иконостасом установили ограждение солеи с золочением, изготовленное церковной фирмой «Софрино».

   В декабре 2016 года на звонницу храма были установлены новые колокола, изготовленные московским колокольным заводом «Литекс».

   Впервые под охрану государства как памятник архитектуры храм Покрова Пресвятой Богородицы был взят на основании Постановления Совета Министров РСФСР №1327 от 30.08.1960 г., затем охранный статус храма был подтвержден Указом Президента РФ №176 от 20.02.1995 г..

   С 10.07.2001 г. храм Покрова Пресвятой Богородицы на основании Постановления Правительства РФ № 527 является памятником федерального значения.

   В настоящее время ведется делопроизводство по передаче храма Покрова Пресвятой Богородицы Русской Православной Церкви в виде передачи храма Приходу в соответствии с законом 327-ФЗ от 30.11.2010 г. (ред. от 23.06.2014г.).