Храм просуществовал лишь пять лет. Вследствие, изданной 22 августа 1918 года Комиссариатом Народного Просвещения инструкции о порядке ликвидации храмов при учебных заведениях храм Покрова Пресвятой Богородицы при Петроградском политехническом институте готовился к закрытию. В 1923 году церковная жизнь при политехническом институте еще теплилась, о чем может свидетельствовать удостоверение о рождении и крещении выданное настоятелем храма протоиереем М. Троицким.

   В 1921 году «церковно-приходская православная Община Покровской Матери Божией церкви в Лесном», зарегистрированная еще 18 июня 1918 года, обратилась с просьбой о перерегистрации. В этом ей было отказано. На заседании Президиума Петрогубисполкома 21 марта 1923 года было принято решение: «ходатайство отклонить». С этого времени церковная жизнь в храме Покрова Пресвятой Богородицы прекратилась на многие годы.

    В период с 1918 по 1992 годы помещения церкви приспосабливались под различные нужды, что повлекло утрату исторической планировки. В храме в этот период поочередно были: клуб, складские помещения, госпиталь. Все внутреннее убранство и отделка были уничтожены. В конце 30-х – нач. 40-х годов храм лишился купола, барабана и звонницы. В результате увеличения культурного слоя фундамент храма оказался под землей, от этого увлажнялась наружная и внутренняя штукатурки. Позднее до октября 1992 года в храме находились учебные классы военной кафедры. Внутреннее пространство храма было изменено до неузнаваемости. Алтарь был отгорожен стеной. В нем находилась слесарная мастерская. Сам храм поделен на несколько помещений. Возведены новые перегородки, заложены старые и пробиты новые проемы и каналы в стенах, в оконных переплетах были установлены вентиляторы, лестничный марш с 1-го на 2-ой этаж был демонтирован, балкон для хора разобран, церковные помещения на 2,3, 4-ом этажах перепланированы; выход на звонницу заложен кирпичом.